За сорок лет существования в музее собрано тысячи различных экспонатов, создан обширный научный фонд. В этом немалая заслуга одного из энтузиастов — препаратора Н. Я. Васильева. Посетители могут познакомиться здесь со всеми представителями животного мира Киргизии, обитателями степных предгорий, хвойных лесов и альпийских лугов, рек и озер.

Музей располагает богатейшей коллекцией птиц, начиная от крупных хищных грифов, бородачей-ягнятников, сипов, живущих на неприступных скалах, ловчих орлов и беркутов, и кончая скворцами, иволгами, ласточками. Птицы и животные показаны в характерных для них природных условиях, подчеркнуты их повадки.

Посетители увидят чучела животных, сравнительно недавно завезенных в Киргизию из других районов страны,— ондатры и енота, сибирского колонка и сибирской белки. Серия картин отображает характерные для республики пейзажи. Экспонаты музея дают яркое представление о богатом животном мире Кыргызстана.